林业论文_杉木NAC基因家族基因的鉴定及生物信-生物信息学

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林业论文_杉木NAC基因家族基因的鉴定及生物信

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文章摘要:【目的】为了完善杉木NAC基因家族的生信机制以及探索基因潜在功能，促进杉木基因改良育种与提高生产效率。【方法】本研究从搜集到的杉木转录组测序数据库中筛选鉴定得到杉木NAC基因，并对其进行生物信息学分析，具体包括蛋白的理化性质、结构域预测、基因进化树分析和cln-miR164靶基因的预测分析等。【结果】杉木NAC转录因子家族含有45个成员，将其命名为Cl-NAC1～Cl-NAC45，预测所得CDS序列长度在156～3 033 bp之间，由51～1 010个氨基酸残基构成，结构域分析得出Cl-NACs蛋白除了长度不足的序列，所有的NAC蛋白都具有A、B、C、D、E 5个亚结构域，并且位置一致。保守域预测可得不同亚家族7个保守结构域的位置和长度有所不同。大部分Cl-NACs基因与挪威云杉NAC基因序列相似度明显大于拟南芥。通过进化树分析，不同Cl-NACs蛋白分布在10个亚家族中ATAF亚家族中的Cl-NAC45可能与逆境胁迫相关，NAM亚家族中的Cl-NAC1、Cl-NAC33、Cl-NAC34和Cl-NAC35基因都有可能具有调节杉木生长发育的作用；此外通过psRNATarget预测Cl-NAC33和Cl-NAC35为cln-miR164的靶基因，可能受其调控，参与非生物胁迫响应途径。【结论】杉木NAC基因鉴定获得45个，共可分为10个亚家族，不同的亚家族具有不同的理化性质、蛋白质结构、进化模式。对不同亚家族的基因功能进行初步推测，上述7个基因可能为杉木生长发育中的关键基因，需进一步研究验证其功能，为后续研究Cl-NACs基因对杉木生长发育、抗逆性功能奠定了基础。

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论文DOI:10.14067/j.cnki.1673-923x.2022.02.012

论文分类号:S791.27

文章来源：《生物信息学》网址: http://www.swxxx.cn/qikandaodu/2022/0124/679.html