园艺论文_甜橙NHX基因家族的鉴定及功能分析-生物信息学

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园艺论文_甜橙NHX基因家族的鉴定及功能分析

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文章摘要:Na⁺/H⁺逆向转运蛋白（Vacuolar Na⁺/H⁺exchange or antiporter,NHX）家族的氨基酸序列具有Na⁺/H⁺exchange蛋白结构域,在植物生长发育和非生物胁迫应答中发挥重要作用。为探究甜橙（Citrus sinensis） NHX基因家族的生物学特性,本研究从甜橙基因组中鉴定出6个NHX基因家族成员,并对其理化性质、基序组成、进化关系、表达谱等进行了分析。结果显示,CsNHXs编码蛋白的长度在407～543 aa,分子量为44.71～59.97 ku;所有CsNHXs非均匀分布在5条染色体上,均具有保守的Na⁺/H⁺exchange结构域;蛋白质二级结构分析表明,甜橙NHX蛋白主要以α-螺旋和无规则卷曲为主。与拟南芥（Arabidopsis thaliana）、水稻（Oryza sativa）的NHX蛋白一起构建的系统进化树聚类为3个亚群,甜橙NHX蛋白分布在Endo和Vac亚群中。顺式作用元件预测分析发现,CsNHXs启动子区域包含多个植物的生长发育响应元件、激素响应元件和逆境响应元件。转录组数据分析表明,CsNHXs在甜橙不同组织中表达存在差异性,总体上分为特异性表达和普遍性表达。本研究系统分析了甜橙NHX基因家族,为进一步阐明甜橙NHX基因家族的功能提供理论依据。

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项目基金:《生物信息学》网址: http://www.swxxx.cn/qikandaodu/2022/0125/681.html