肿瘤学论文_基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估-生物信息学

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肿瘤学论文_基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估

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文章摘要:目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11 （TXNDC11）在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组（CPTAC）数据库分析TXNDC11蛋白在肿瘤组织和正常组织间表达的差异;采用基因表达谱交互分析网站（GEPIA）分析TXNDC11表达与泛癌分期之间的关系;采用Kaplan-Meier Plotter在线网站分析TXNDC11表达与泛癌患者生存预后的关系;采用TIMER数据库分析各种肿瘤组织中TXNDC11蛋白表达与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性;采用SangerBox数据库分析TXNDC11蛋白与免疫检查点的关系。结果:ONCOMINE数据库分析,与癌旁正常组织比较,结肠癌（COAD）、胃腺癌（STAD）和肉瘤（SARC）组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显降低（P<0.05）,而乳腺癌（BRCA）、食管癌（ESCA）、肾嫌色细胞癌（KICH）和胰腺癌（PAAD）组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显升高（P<0.01）。TIMER数据库分析,BRCA、胆管癌（CHOL）、ESCA、胶质母细胞瘤（GBM）、头颈鳞状细胞癌（HNSC）和前列腺癌（PRAD）组织中TXNDC11蛋白表达水平升高,COAD、肾乳头状细胞癌（KIRP）、肺腺癌（LUAD）、肺鳞状细胞癌（LUSC）、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤（PCPG）、直肠腺癌（READ）和甲状腺癌（THCA）组织中TXNDC11呈明显低表达。CPTAC数据库分析,肾透明细胞癌（KIRC）和子宫内膜癌（UCEC）组织中TXNDC11蛋白表达水平明显高于癌旁正常组织（P<0.01）,而BRCA、卵巢癌（OV）和COAD组织中TXNDC11蛋白表达水平明显低于癌旁正常组织（P<0.05或P<0.01）。GEPIA数据库分析,TXNDC11表达水平与LUAD、卵巢浆液性囊腺癌、THCA和UCEC患者的临床病理分期有密切关联（P<0.05）。Kaplan-Meier Plotter数据库分析,膀胱尿路上皮癌（BLCA）（HR=0.71,P=0.024）、 BRCA （HR=0.68, P=0.021）、 ESCA （HR=0.39, P=0.005 1）、 HNSC （HR=0.72,P=0.026）、KIRC （HR=0.41,P=0.002 6）、LUAD （HR=0.53,P<0.01）、READ （HR=0.34, P=0.014）、 SARC （HR=0.61,P=0.016）、胸腺癌（THYM）（HR=0.14,P=0.004 2）、THCA （HR=0.35,P=0.043）和UCEC （HR=0.36,P<0.01）组织中TXNDC11的高表达与肿瘤患者的良好预后有关联。TIMER数据库分析,TXNDC11表达与22种肿瘤组织中B细胞浸润水平有相关性（P<0.05）,TXNDC11表达与16种肿瘤组织中CD4+T淋巴细胞浸润水平、25种肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞浸润水平、22种肿瘤组织中中性粒细胞浸润水平、22种肿瘤组织中巨噬细胞浸润水平和23种肿瘤组织中树突状细胞浸润水平有明显相关性（P<0.05）;TXNDC11表达与COAD、LUSC、 HNSC、 SARC和皮肤黑色素瘤（SKCM）的免疫细胞具有明显相关性（P<0.01）。SangerBox数据库分析,TXNDC11在多种肿瘤组织中与多个免疫检查点基因表达水平有明显相关性（P<0.05）。结论:泛癌分析中,TXNDC11在多种肿瘤组织中普遍低表达,且TXNDC11与多种肿瘤患者的预后生存有密切关联。TXNDC11可作为一个重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤的免疫反应。

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项目基金:《生物信息学》网址: http://www.swxxx.cn/qikandaodu/2022/0128/689.html