用遗传学重构人类历史事件，复旦大学徐书华相

现代人类历史进程错综复杂，帝国的兴起与衰败，奴隶贸易与战争，人群的扩张与迁徙都对人群遗传混合产生了深远的影响。

责任编辑：樊丽萍

15世纪末，随着地理大发现、新航路的开辟以及跨大西洋奴隶贸易的兴起，大洲之间相对孤立的状态进一步被打破。基于美洲大陆混合人群的分析表明该地区人群混合时间大致处于距今400至500年前，且性别偏向为欧洲男性与非洲女性或美洲原住民人群女性为主的混合。

其具体算法可以分为以下三个步骤（上图）：

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徐书华解释称，美国黑人的产生主要是白人男性与黑人女性的结合，而反过来的组合就相对少很多！这个过程的后果就是：美国黑人的基因库中，黑人的X染色体基因比例就要比基因组的平均水平高一些。这与美国的历史和人口变迁情况情况是相吻合的。

性别偏向性混合的研究对了解人群形成和演化历程、理解现代人类遗传差异、以及指导医学研究都有重要的理论意义和应用价值。

这是研究团队在前期提出的算法MultiWaver基本模型和方法的基础上进一步发展而来，特别植入了性别偏向性混合历史推断模块。

2022年5月23日，生物信息学专业期刊Briefings In Bioinformatics在线发表了复旦大学徐书华团队的研究成果“MultiWaverX: Modeling latent sex-biased admixture history ”。

（3）针对每个祖先人群的每波混合事件，结合常染色体和X染色体的混合比例计算男性贡献比例，从而判断性别偏向性方向以及程度。

中亚地区位于欧亚大陆的腹心地带，对于促进东西方文化、经济与基因交流起着重要的作用，从古至今，欧亚大陆上复杂的人口流动历史也不断塑造着这片土地的遗传多样性。青铜时代欧洲人群东迁、公元前334至324年间的亚历山大东征以及始于公元前130年间的古丝绸之路都促进了早期欧亚大陆不同国家、不同文明之间的交流与碰撞。

这一工作提出了一种新方法MultiWaverX，可推断人群性别偏向性混合历史，并应用该方法分析和重构了中亚地区、中东地区以及美洲大陆的17个人群的性别偏向性基因交流历史。

研究团队基于中亚地区混合人群的分析结果表明该地区混合事件可以大致分为两波，其中较久远的一波发生在距今2500至3300年间，主要表现为欧洲男性与东亚女性为主的混合，而较为近期的一波大致为距今500至900年前，其性别偏向主要为东亚男性为主的混合。

中国科学院上海营养与健康研究所博士研究生张瑞、北京交通大学数学与统计学院倪旭敏副教授、国科大毕业生苑锴博士为该论文共同第一作者，复旦大学/附属中山医院徐书华教授为通讯作者。复旦大学生命科学学院、附属中山医院、人类表型组研究院为通讯单位。

其中，性别偏向抵消模型最为特殊，性别偏向信号在经历多次方向相反的混合事件后得以抵消。研究团队在分析实际数据时，发现中国西北少数民族哈萨克族是该混合模型的代表人群。哈萨克族主要居住于中国西北地区，其主要遗传成分来自东亚和欧洲祖先人群，且混合比例比在常染色体和X染色体水平上均为60：40，若使用传统方法进行推断，结果均为无性别偏向混合。而通过MultiWaverX分析，研究团队发现该人群呈现出早期欧洲男性为主（约3000年前），近期东亚男性为主（约750年前）的两波性别偏向性混合历史。

应用上，研究团队选取全球典型混合人群分布区域，中亚、中东以及美洲大陆为例，分别解析其性别偏向性混合历史，重构了全球人群性别偏向混合图谱（上图）。

性别偏向性是一个群体概念，广泛存在于人群基因交流过程中，即特定祖源的男女遗传贡献存在差异。非裔美国人（African Americans）和拉丁裔美洲人（Hispanic Americans or Latino American）为学界熟知的存在性别偏向性混合的人群。

徐书华说：“我们研究性别偏向性，一方面是想通过遗传学数据重构人类历史上发生过的故事，比如，丝绸之路的历史、蒙古西征等历史上的很多事情都并不清楚，通过这一方法，结合史料也许可以重构历史事件；另一方面，也是想弄清楚对当代人群基因构成及其功能、表型效应和医学后果是什么。”

（2）在第一步确定的混合模式下，基于X染色体的祖先片段长度分布信息估计X染色体的混合比例。

文章来源：《生物信息学》 网址: http://www.swxxx.cn/zonghexinwen/2022/0526/710.html