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AIMBE Fellow 潘毅:少年状元、九年学术荒,拒做生(3)
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摘要:这种情况直到2000年潘毅进入佐治亚州立大学工作才得以好转。 在佐治亚州立大学,潘毅偶然发现蛋白质序列的对比需要用到并行计算,这正是他所擅长的
这种情况直到2000年潘毅进入佐治亚州立大学工作才得以好转。在佐治亚州立大学,潘毅偶然发现蛋白质序列的对比需要用到并行计算,这正是他所擅长的计算机领域的知识。
2021年,潘毅入选全球前2%顶尖科学家榜单与世界顶尖1000名计算机科学家榜单。
潘毅最初接触的问题是蛋白质、DNA、RNA等的序列对比。
戴顿大学是一所教学型学校,注重学生教育,为教授们提供的科研条件并不算好。因此,在戴顿大学工作的九年里,潘毅只能一点点艰难推进自己的研究。
而1991年才刚刚开始攻读博士学位的许东,恰好选择了计算生物物理的研究方向,比前辈徐鹰还要早两年接触生物学。
1997年,徐鹰进入橡树岭国家实验室生命科学部担任课题组长,次年许东加入课题组,两人合作进行了蛋白折叠与蛋白结构预测的相关项目,又于2003年先后离开橡树岭,分别前往佐治亚大学和密苏里大学担任教职。
潘毅就这样一路升级通关,从初到美国时“水土不服”的华人留学生,成长为生物信息学领域的中流砥柱。
他想到了自己前不久开始进行的生物信息学研究。
凭借生物信息学领域的贡献,潘毅被评为乔治亚州立大学终身教授、大学杰出教授、州校董教授,当选美国医学与生物工程院院士与乌克兰国家工程院院士。
潘毅向雷峰网《医健AI掘金志》描述了他的教育理想:为政界培养出一名省部级的官员,为学术界培养出一名院士,为产业界培养出一名千亿资产的企业家。“如果能达到这个境界,我的人生就圆满了。”
耳顺之年,功成名就,潘毅却将自己的“进度条”拨回起点,选择回国任职。
于是,他与一位对计算机领域较为了解的生物学教授合作,申请了一笔一百五十万美元的科研经费,组建起佐治亚州立大学生物信息学研究的初始团队。
2010年前后,他开始尝试将计算机与生物学知识相融合,比如,在进行多序列对比时,将碱基或氨基酸之间变化的概率也加入计算之中,从而更加精准地描述生物学问题。
随着研究的深入,潘毅逐渐意识到简单的算法无法处理数目庞大的生物数据,下一步的研究必须要利用人工智能技术。
其次是心理上的落差。在计算机行业内已经成名的潘毅,要进入生物信息领域,只能和所有新人一样从底层开始一步步向上走。
在金兰教授的帮助下,潘毅在1985年读硕士期间就已经在海外顶级会议ICDCS上发布了论文。在当时那个年代,很多教授难有在海外发布文章的机会,而ICDCS更是只有不超过20%的录用率。
潘毅的诸多科研成果对后来者的研究也有很大影响,他为生物学领域开发的许多工具至今仍在广泛应用。
那时已经常在并行计算领域大型学术会议上作主题演讲(keynote speech)的潘毅,进入生物信息学领域后,反而连在一些低级别研讨会(workshop)上的演讲机会都时常争取不到,无人问津。
“潘老师对我们的关心不仅在科研上,也在生活上,隔三差五就询问大家是否有困难,并全力帮助。”雷秀娟回忆。
潘毅探索生物信息学的研究就此走上正轨。
潘毅回忆道:“金兰教授已经年迈,但他每年都要发几篇英文的文章,随时记录自己的想法,这种认真刻苦的作风让我印象十分深刻,也给了我很多的鼓励,让我养成了好的学术作风。”
而在接触生物信息领域早期,潘毅与徐鹰、许东的研究内容曾有过重合。
作为国家恢复高考后的第一届考生,潘毅以江苏省理科状元的成绩进入清华电子工程系就读,也就是改组前的计算机工程与科学系。
自2005年担任佐治亚州立大学计算机系主任以来,潘毅经历了生物信息学发展最迅速、技术迭代最快的十几年,他研究了大半生的计算机技术与生物学结合后焕发出新的生命力。
作为生物学和计算机学两门学科的融合,生物信息利用计算机技术解决生物学的问题,这就要求从业者必须同时具备两门学科的知识背景。
“我可以干到八十岁再退休。”
潘毅将经费分配给其他教授,要求他们与生物系的教授合作,在自身研究方向的基础上结合生物学知识,在一定期限内产出一批新的科研成果。比如,将人工智能用于生物数据分析,将计算机可视化用于蛋白质和分子可视化,将算法、数据库等技术全部融入生物学领域。
文章来源:《生物信息学》 网址: http://www.swxxx.cn/zonghexinwen/2022/0914/718.html