AIMBE Fellow 潘毅：少年状元、九年学术荒，拒做生(4)

“有时连申请到的经费也不给我们，在科学研究里只把我们当做technician（技术员），这是很让人伤心的事情。”

进行序列对比的目的是寻找不同序列之间的相似性。相似的序列往往起源于共同的祖先，可能有相似的结构和相似的生物学功能。

“许东老师是计算生物物理的博士，要比我们更加了解生物的性质。我们作为计算机专业的教授，强项是算法的分析和系统的开发。”

他与徐鹰、许东、周耀旗，以及加拿大滑铁卢大学终身教授李明、弗吉尼亚大学教授张爱东等生物信息领域的诸位华人学者们，也是在这个时期相识。

6月28日，中国科学院深圳理工大学（筹）（以下简称“深理工”）一支特殊的小分队从深圳赶赴安徽，看望一位“扭扭车”男孩张亮。

2018年清华大学英文杂志《大数据挖掘与分析》创刊时，潘毅邀请了老师郑纬民与他一同担任主编。这本杂志如今已位列全球计算机领域前4%，进入世界一流期刊的行列。

潘毅最初进行序列对比工作时，最常见的DNA替换积分矩阵和蛋白质替换积分矩阵是等价矩阵（unitary matrix）。

对生物网络分析的基础研究也为多年后潘毅转向应用研究打下了坚实的基础。

当时的清华大学计算机系主任，同样出身吴江区黎里镇的王鼎兴教授，与潘毅的来往要更密切一些，“王老师的父亲和我的外公是朋友，我们两家是世交。”

硕士期间，潘毅在由金兰、郑纬民、沈美明和王鼎兴几位老教授组成的教研组内学习，导师金兰教授是清华大学计算机专业最早的一批老师，亲历了计算机专业的创建。

潘毅所擅长的正是制造并利用先进的AI工具，并用其解决生物学难题。

“直到现在我和王老师还经常交流，偶尔提起家乡黎里镇的变化，王老师都会很高兴。”

同样是学计算机出身的学者，徐鹰的研究更加偏向生物，潘毅则是更加偏向计算；而分别是物理、化学专业出身的许东和周耀旗，研究内容则更加偏向生物物理和化学物理。

潘毅是深理工计算机学院的首任院长。2020年，潘毅应深圳先进院院长樊建平之邀加入深理工，主持计算机学院的建设工作。这是潘毅第一次在国内全职任教，却不是他第一次从零开始打造一个全新的计算机团队。

在清华大学这个“红色工程师的摇篮”中学习成长，年轻的潘毅和他的同学们都以能进入国企成为一名工程师为荣。

“我带过的博士中有一个专科毕业的学生，钟卫，到美国后重新读了本科。他的天资并不是最高的，但十分勤奋，读书时花费了很多时间去做研究，现在也已经是美国南卡罗来纳大学的终身正教授，还拿到了学校的杰出研究奖。”这是潘毅教学经历中印象最深刻的一位学生。

在近三十年的时间里，一大批生物、化学、物理、计算等专业的学者，前仆后继加入到学科的产研建设，那是一个灵感迸发、情谊绵长的年代，也是一个走出质疑、迷茫的年代。

除此之外，还有研究中遇到的最重要的难题：与生物学家合作中的矛盾。

2022年，深理工的首届联合培养硕士研究生毕业，100%实现就业升学。

正如四十年前，清华大学的诸位师长对潘毅的帮助与期盼。

直到2014年前后，生物信息领域的研究者们集体转向深度学习技术，潘毅也是其中之一。

最初进入生物信息学领域时，由于计算机出身的潘毅等人不懂生物，只能与生物学领域的学者合作，针对对方已经提出的问题进行研究和改进。

出国以前，他是江苏省的理科高考状元，是恢复高考后的第一届大学生，是国内顶尖学府清华大学的天之骄子，即便面A临着优秀的同窗们带来的竞争压力，但他未来的人生仍是清晰可见的一片坦途。

此前，徐鹰与雷峰网《医健AI掘金志》交流时，曾提出一个划分，生物信息学作为生物学与计算机科学两大学科的交叉点，这一领域内不同学者所做的研究在两个学科所占比重上通常有所不同。

潘毅与学生钟卫毕业合影（左一为钟卫）

潘毅进入清华读书后，王鼎兴教授在学习上和生活上都给予了他非常多的帮助，潘毅回忆，“我读大学时常去王老师家中做客，和王老师一家人成为了很好的朋友。”

潘毅开始建设佐治亚州立大学的生物信息团队时，徐鹰正担任佐治亚大学生物信息研究所的首任所长，两人一个在亚特兰大，一个在雅典市。

文章来源：《生物信息学》 网址: http://www.swxxx.cn/zonghexinwen/2022/0914/718.html